为使黄河甘肃段的刘家峡库区、兰州市和白银市饮用水源一级保护区达到ⅱ类水质，其余河段达到ｉｉｉ类水质的目标，甘肃省制定实施了《黄河干流（甘肃段）水污染综合整治方案》和《关于加强黄河甘肃段水污染防治工作意见》，严格控制工业废水排放；关停了黄河兰州段污染大户兰州煤制气厂，消除了含酚废水对黄河甘肃段的污染隐患；建成中石油兰州石化公司含硫及催化剂污水治理工程、中石油兰州石化公司西区污水处理厂改造工程、中石油兰州石化公司陈官营污水缓冲池综合治理工程等一批工业废水治理项目；严禁使用国家禁止的高残留农药，鼓励使用农家肥，发展生态农业。

在经济社会快速发展的同时，黄河甘肃段水质保持稳定并逐年改善，黄河甘肃段８个监测断面中，刘家峡、扶河桥、新城桥、靖远桥、五佛寺断面连续５年水质达标，包兰桥、什川桥断面水质逐年好转，由“十五”初期的ｉｖ类提高到２００５年的ｉｉｉ类，基本实现了全河段按功能区达标的目标。